Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TLE2-204ENST00000455444 2253 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXD4P09016 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms