Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 RN7SL371P-201ENST00000578099 267 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
LIMD1Q9UGP4 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 APOBEC3H-202ENST00000401756 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 DCUN1D5-209ENST00000531543 1030 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
LIMD1Q9UGP4 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms