Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC3Q9BQI4 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC3Q9BQI4 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.2 ms