Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NTRK2-205ENST00000376208 8178 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
VPS39Q96JC1 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 135.1 ms