Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC17.11■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
HOXC11O43248 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms