Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
COL4A4P53420 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
COL4A4P53420 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms