Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CUX1P39880 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CUX1P39880 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CUX1P39880 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CUX1P39880 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AC005520.2-201ENST00000556194 573 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms