Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXD4P09016 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
HOXD4P09016 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms