Protein–RNA interactions for Protein: O43556

SGCE, Epsilon-sarcoglycan, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SGCEO43556 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 CACNA1G-202ENST00000354983 8138 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SGCEO43556 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
SGCEO43556 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
SGCEO43556 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
SGCEO43556 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
SGCEO43556 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
SGCEO43556 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC15.02□□□□□ -0.01
SGCEO43556 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02□□□□□ -0.01
SGCEO43556 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.02□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms