Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ADGRG2-208ENST00000379873 4698 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
VPS54Q9P1Q0 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms