Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CXCL6-203ENST00000515050 557 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC21.2■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
CCDC87Q9NVE4 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC87Q9NVE4 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.3 ms