Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 BAG5-201ENST00000299204 4848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 PTGES3-205ENST00000456859 957 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXC11O43248 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms