Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
EXOSC4Q9NPD3 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
EXOSC4Q9NPD3 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
EXOSC4Q9NPD3 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms