Protein–RNA interactions for Protein: Q9HBJ7

USP29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, humanhuman

Predictions only

Length 922 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP29Q9HBJ7 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP29Q9HBJ7 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP29Q9HBJ7 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP29Q9HBJ7 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP29Q9HBJ7 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP29Q9HBJ7 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP29Q9HBJ7 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP29Q9HBJ7 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP29Q9HBJ7 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP29Q9HBJ7 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP29Q9HBJ7 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP29Q9HBJ7 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP29Q9HBJ7 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms