Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC18.89■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC18.85■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC18.81■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC18.78■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
RPUSD4Q96CM3 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms