Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC28.9■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
VPS53Q5VIR6 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
VPS53Q5VIR6 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VPS53Q5VIR6 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 183.2 ms