Protein–RNA interactions for Protein: A0A539

TCRBV7S3A2, T-cell receptor beta variable 4-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCRBV7S3A2A0A539 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TCRBV7S3A2A0A539 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TCRBV7S3A2A0A539 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TCRBV7S3A2A0A539 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms