Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
IFT88Q13099 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
IFT88Q13099 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC17.33■□□□□ 0.37
IFT88Q13099 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 UHRF2-201ENST00000276893 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SAP130-201ENST00000259234 4140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
IFT88Q13099 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms