Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS54Q9P1Q0 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms