Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 AL356489.1-201ENST00000449144 1144 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 FUZ-207ENST00000526575 482 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
ZNF541Q9H0D2 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
ZNF541Q9H0D2 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms