Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
VPS39Q96JC1 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms