Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 OTUB1-206ENST00000535715 1391 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 KREMEN1-203ENST00000407188 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NPHP3Q7Z494 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.1 ms