Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 MARCH2-206ENST00000601283 747 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
USP53Q70EK8 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SMC4-201ENST00000344722 5356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP53Q70EK8 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms