Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 NPB-201ENST00000333383 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 OXSR1-201ENST00000311806 4553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms