Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AC136759.1-201ENST00000534201 2163 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 TCF25-201ENST00000263346 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 H6PD-201ENST00000377403 9146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCDC112Q8NEF3 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 GPAT2-204ENST00000453542 2466 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ZC3H12A-201ENST00000373087 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCDC112Q8NEF3 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms