Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AP3D1-201ENST00000345016 4870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
SKA3Q8IX90 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms