Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 KIF21B-203ENST00000422435 5519 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms