Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC095060.1-201ENST00000502455 549 ntTSL 4 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 NOP2-220ENST00000545915 630 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 COQ6-210ENST00000554920 649 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.5 ms