Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.06■□□□□ 0.96
TRIM28Q13263 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms