Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 PDE4A-201ENST00000293683 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
ATG4BQ9Y4P1 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.8 ms