Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CHRNA5-203ENST00000559554 1051 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCDC87Q9NVE4 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.1 ms