Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 PAK4-208ENST00000599386 5735 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 LZTS3-202ENST00000337576 4238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 PSMG3-AS1-201ENST00000437621 5701 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC54Q8NEL0 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56 ms