Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC13.81□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC13.81□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.81□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 GRIA4-203ENST00000393127 5621 ntTSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 ZNF302-206ENST00000505242 2849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.8□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.78□□□□□ -0.2
HOXA3O43365 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC13.78□□□□□ -0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms