Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
VPS28Q9UK41 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms