Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 KIFC3-201ENST00000379655 3427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
DKK3Q9UBP4 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms