Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ZNF281-201ENST00000294740 4891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
CCDC3Q9BQI4 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC3Q9BQI4 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms