Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TCOF1Q13428 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
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