Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TRIM28Q13263 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
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