Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-215ENST00000521609 793 ntTSL 5 BASIC6.21□□□□□ -1.426e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-218ENST00000522525 1867 ntTSL 1 (best)5.76□□□□□ -1.496e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-219ENST00000523354 459 ntTSL 25.57□□□□□ -1.526e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-201ENST00000467069 667 ntTSL 55.51□□□□□ -1.536e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-214ENST00000521267 851 ntTSL 35.37□□□□□ -1.556e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-211ENST00000520396 550 ntTSL 34.98□□□□□ -1.616e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 THUMPD3-AS1-207ENST00000494680 544 ntTSL 54.94□□□□□ -1.626e-23■■■■□ 25
U2AF1Q01081 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.037e-9■■■■□ 25
U2AF1Q01081 HNRNPH3-210ENST00000490442 1521 ntTSL 218.84■□□□□ 0.617e-9■■■■□ 25
U2AF1Q01081 HNRNPH3-206ENST00000478698 1507 ntTSL 218.84■□□□□ 0.617e-9■■■■□ 25
U2AF1Q01081 HNRNPH3-201ENST00000265866 2339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.587e-9■■■■□ 25
U2AF1Q01081 HNRNPH3-211ENST00000491200 2308 ntTSL 1 (best)18.26■□□□□ 0.517e-9■■■■□ 25
U2AF1Q01081 HNRNPH3-208ENST00000481819 2704 ntTSL 1 (best)16.61■□□□□ 0.257e-9■■■■□ 25
U2AF1Q01081 HNRNPH3-205ENST00000469172 3356 ntTSL 213.35□□□□□ -0.277e-9■■■■□ 25
U2AF1Q01081 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.592e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.212e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 MARCH3-204ENST00000506088 814 ntTSL 222.05■■□□□ 1.122e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.692e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.52e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-220ENST00000630424 5075 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.492e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.452e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-204ENST00000438097 8939 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.352e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-224ENST00000635914 9352 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.312e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 MARCH3-201ENST00000308660 4196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.272e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-228ENST00000638155 9131 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.142e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-226ENST00000637886 8725 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.132e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ZNF432-205ENST00000598745 596 ntTSL 413.58□□□□□ -0.242e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ZNF432-206ENST00000600368 764 ntTSL 512.74□□□□□ -0.372e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ZNF432-201ENST00000221315 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.03□□□□□ -0.482e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-205ENST00000566215 3176 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.01□□□□□ -1.132e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ZNF432-207ENST00000601310 604 ntTSL 47.78□□□□□ -1.162e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ZNF432-202ENST00000594154 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.41□□□□□ -1.222e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 NUDT12-202ENST00000507423 1781 ntTSL 2 BASIC6.19□□□□□ -1.422e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-203ENST00000428984 2986 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC6.13□□□□□ -1.432e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-206ENST00000604860 571 ntTSL 55.89□□□□□ -1.472e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ZNF432-203ENST00000597273 624 ntTSL 2 BASIC5.33□□□□□ -1.562e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-211ENST00000626176 445 ntTSL 35.1□□□□□ -1.592e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-202ENST00000397954 2873 ntTSL 5 BASIC4.84□□□□□ -1.632e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 NUDT12-201ENST00000230792 3492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.59□□□□□ -1.672e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 NUDT12-203ENST00000508889 934 ntTSL 24.54□□□□□ -1.682e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 UBE3A-225ENST00000636667 5726 ntTSL 5 BASIC1.5□□□□□ -2.172e-7■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ATXN2L-223ENST00000568266 1294 ntTSL 523.07■■□□□ 1.283e-11■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.633e-11■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ATXN2L-211ENST00000563314 4574 ntTSL 518.71■□□□□ 0.593e-11■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ATXN2L-218ENST00000565971 3264 ntTSL 1 (best)18.28■□□□□ 0.523e-11■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ATXN2L-204ENST00000382686 3739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.513e-11■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ATXN2L-215ENST00000564304 3514 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.383e-11■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ATXN2L-205ENST00000395547 3981 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.333e-11■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ATXN2L-225ENST00000570200 3635 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.293e-11■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ATXN2L-201ENST00000325215 3788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.233e-11■■■■□ 25
U2AF1Q01081 ATXN2L-203ENST00000340394 3807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.093e-11■■■■□ 25
U2AF1Q01081 DDX46-208ENST00000509178 766 ntTSL 55.62□□□□□ -1.512e-11■■■■□ 24.9
U2AF1Q01081 DDX46-210ENST00000513592 571 ntTSL 44.6□□□□□ -1.672e-11■■■■□ 24.9
U2AF1Q01081 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.25■■■■□ 3.392e-8■■■■□ 24.9
U2AF1Q01081 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.862e-8■■■■□ 24.9
U2AF1Q01081 CGGBP1-203ENST00000462901 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.062e-8■■■■□ 24.9
U2AF1Q01081 CGGBP1-204ENST00000467332 556 ntTSL 48.95□□□□□ -0.982e-8■■■■□ 24.9
U2AF1Q01081 CGGBP1-205ENST00000474441 717 ntTSL 24.07□□□□□ -1.762e-8■■■■□ 24.9
U2AF1Q01081 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.854e-7■■■■□ 24.8
U2AF1Q01081 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.414e-7■■■■□ 24.8
U2AF1Q01081 MLLT10-202ENST00000377059 4850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.71□□□□□ -0.867e-7■■■■□ 24.8
U2AF1Q01081 MLLT10-217ENST00000631589 4955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.49□□□□□ -1.054e-7■■■■□ 24.8
U2AF1Q01081 MLLT10-208ENST00000438473 1085 ntTSL 56.13□□□□□ -1.437e-7■■■■□ 24.8
U2AF1Q01081 ZCCHC7-203ENST00000461038 2793 ntTSL 1 (best)19.26■□□□□ 0.672e-6■■■■□ 24.7
U2AF1Q01081 ZCCHC7-209ENST00000534928 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.552e-6■■■■□ 24.7
U2AF1Q01081 ZCCHC7-201ENST00000322831 1219 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.392e-6■■■■□ 24.7
U2AF1Q01081 ZCCHC7-202ENST00000336755 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.27□□□□□ -1.572e-6■■■■□ 24.7
U2AF1Q01081 CCDC18-AS1-219ENST00000451302 1212 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.625e-7■■■■□ 24.6
U2AF1Q01081 CCDC18-AS1-202ENST00000413606 770 ntTSL 311.36□□□□□ -0.595e-7■■■■□ 24.6
U2AF1Q01081 CCDC18-AS1-201ENST00000411670 675 ntTSL 510.65□□□□□ -0.75e-7■■■■□ 24.6
U2AF1Q01081 CCDC18-AS1-216ENST00000447577 431 ntTSL 58.58□□□□□ -1.045e-7■■■■□ 24.6
U2AF1Q01081 CCDC18-AS1-218ENST00000450843 600 ntTSL 58.51□□□□□ -1.055e-7■■■■□ 24.6
U2AF1Q01081 CCDC18-AS1-205ENST00000421202 2973 ntTSL 1 (best) BASIC7.3□□□□□ -1.245e-7■■■■□ 24.6
U2AF1Q01081 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.711e-7■■■■□ 24.6
U2AF1Q01081 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.981e-7■■■■□ 24.6
U2AF1Q01081 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.671e-7■■■■□ 24.6
U2AF1Q01081 RING1-202ENST00000478431 1532 ntTSL 1 (best)32.62■■■□□ 2.811e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.21■■■□□ 2.591e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 KIAA0368-205ENST00000602447 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 522.82■■□□□ 1.242e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.692e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 KIAA0368-202ENST00000338205 7078 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.042e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 ANKRD28-203ENST00000439830 592 ntTSL 533.75■■■□□ 2.991e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.241e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.911e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 EXO1-203ENST00000423131 950 ntTSL 522.45■■□□□ 1.181e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 ATP5C1-210ENST00000493053 1096 ntTSL 521.49■■□□□ 1.031e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 ATP5C1-206ENST00000465936 292 ntTSL 321.19■□□□□ 0.981e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 ATP5C1-201ENST00000335698 1078 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.511e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 SLTM-206ENST00000480144 2277 ntTSL 216.53■□□□□ 0.241e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 ATP5C1-204ENST00000460820 622 ntTSL 215.54■□□□□ 0.081e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 EXO1-207ENST00000493702 783 ntTSL 513.76□□□□□ -0.211e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 EXO1-206ENST00000469419 754 ntTSL 313.71□□□□□ -0.211e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 SLTM-226ENST00000628684 1040 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.331e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 EXO1-202ENST00000366548 3473 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.361e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 EIF5-221ENST00000561439 719 ntTSL 210.6□□□□□ -0.711e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 MED13L-202ENST00000548694 880 ntTSL 58.59□□□□□ -1.031e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 EXO1-204ENST00000437497 593 ntTSL 37.37□□□□□ -1.231e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 SLTM-201ENST00000249736 1373 ntAPPRIS ALT2 TSL 57.28□□□□□ -1.241e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 SLTM-219ENST00000559305 559 ntTSL 46.97□□□□□ -1.291e-6■■■■□ 24.5
U2AF1Q01081 BMP2K-207ENST00000515075 602 ntTSL 36.97□□□□□ -1.291e-6■■■■□ 24.5
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 46.3 ms