Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSH2P43246 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSH2P43246 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSH2P43246 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSH2P43246 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSH2P43246 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSH2P43246 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSH2P43246 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
MSH2P43246 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
MSH2P43246 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
MSH2P43246 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
MSH2P43246 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
MSH2P43246 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSH2P43246 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSH2P43246 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSH2P43246 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSH2P43246 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSH2P43246 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSH2P43246 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSH2P43246 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSH2P43246 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSH2P43246 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSH2P43246 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSH2P43246 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
MSH2P43246 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
MSH2P43246 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
MSH2P43246 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
MSH2P43246 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
MSH2P43246 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
MSH2P43246 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
MSH2P43246 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
MSH2P43246 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
MSH2P43246 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
MSH2P43246 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSH2P43246 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSH2P43246 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSH2P43246 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSH2P43246 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSH2P43246 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSH2P43246 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSH2P43246 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSH2P43246 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSH2P43246 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSH2P43246 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSH2P43246 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSH2P43246 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSH2P43246 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSH2P43246 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSH2P43246 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSH2P43246 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSH2P43246 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSH2P43246 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSH2P43246 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSH2P43246 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSH2P43246 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSH2P43246 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSH2P43246 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSH2P43246 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSH2P43246 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSH2P43246 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSH2P43246 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSH2P43246 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSH2P43246 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSH2P43246 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
MSH2P43246 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSH2P43246 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MSH2P43246 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
MSH2P43246 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
MSH2P43246 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MSH2P43246 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
MSH2P43246 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MSH2P43246 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms