Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS4BO75351 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VPS4BO75351 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS4BO75351 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS4BO75351 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms