Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 BMP7-201ENST00000395863 4013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SCARB2-223ENST00000640640 4608 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
BRPF3Q9ULD4 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms