Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 VANGL2-201ENST00000368061 5340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
KLHL28Q9NXS3 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms