Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 RNFT2-204ENST00000407967 2415 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ATP6V0E2-202ENST00000425642 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SYNE4Q8N205 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms