Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 FSCN2-201ENST00000334850 1551 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ZNF276-201ENST00000289816 4589 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
SCN1BQ07699 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms