Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AIDA-201ENST00000340020 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 SH3BP4-202ENST00000392011 5194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
SDC1P18827 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 ENO1-AS1-201ENST00000442636 456 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
SDC1P18827 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.7 ms