Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LHX3Q9UBR4 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
LHX3Q9UBR4 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms