Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SHANK3Q9BYB0 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC22.02■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SHANK3Q9BYB0 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms