Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP41Q3LFD5 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms