Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
VPS28Q9UK41 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.1 ms